L'histoire commence par l'apparition d'une personne au cheveux bleu venu chercher Athéna. Il s'agit en fait du fils du Dieu le plus puissant, Abel et frère d'Athéna. Il est venu pour détruire une bonne fois pour toute la Terre et ses habitants.. Pour cela il est accompagné des trois Chevaliers à l'Habit Sacré: Atlas, Bérénice et Jao. Il a aussi rendu la vie aux Chevaliers d'Or morts pendant la bataille du Sanctuaire: Saga, Camus, Shura, Masque de Mort et Aphrodite. Athéna comprit alors le but de Abel et partit avec lui pour le détruire car sachant que ses chevaliers ne pourrait reussir à terrasser un dieu, elle décida de le faire seule.

Seiya et les autres sont désemparés et croient que Saori les as abandonnés sous prétexte qu'elle préférait la protection des chevaliers d'Abel qui était plus puissant. Pendant ce temps la, Athéna tenta de tué Abel mais celui ne sentit rien et du se résoudre à la tuée. Camus et Shura apprenant la mort de celle ci décidèrent de mettre fin à la vide d'Abel mais Atlas et ses compagnons les térrassèrent très rapidement.

Nos héros décident de se rendre au Temple de Corona car ils ont senti la cosmo-énergie d'Athéna disparaitre. Seiya arriva le premier mais se retrouva face à Atlas. Seiya tenta de le détruire mais ses attaques n'eurent aucun effet sur Alas qui le térrassa très vite. Seiya resta à terre et sembla s'etre résoudre à l'échec.

Shiryu quant à lui se retrouve face à un ancien ennemi : le Chevalier d'Or du Cancer, Masque de Mort. Shiryu l'attaqua en lui lancant sa Colère du Dragon mais Masque de Mort l'arreta d'une seule main et l'envoya contre un mur. Masque de Mort décida alors de faire une faveur à Shiryu et l'envoya dans le puit de la Mort sous le controle du cosmos d'Abel. Shiryu vois alors Athéna se diriger vers la fontaine jaune et Masque de Mort lui explique que tant qu'Athéna n'est pas tombé dedans, il reste un moyen de la sauver. A la suite de ceci, Masque de Mort attaqua Shiryu qui cette fois, l'arreta et lui expliqua qu'il avait fais exprès de contraindre Masque de Mort à l'envoyer ici pour vérifier si il restait un moyen de la sauver et détruisa Masque de Mort une bonne fois pour toute ce qui eu pour effet de le réenvoyer dans le monde normal. Au moment ou il comptait se rendre au temple d'Abel, Bérénice l'en empecha et lui explosa son armure et par la meme occasion, mis H.S. Shiryu.

Shun arriva dans un magnifique jardin et se retrouva face à Aphrodite, Chevalier d'Or des Poissons. Aphrodite lui envoya une rose que Shun esquiva. C'est alors qu'Aphrodite lui expliqua qu'il était revenu dans le but de se venger de l'humiliation que Shun lui avait fait lors de leur combat au Sanctuaire. Apres quelques petits affrontements, Aphrodite reussi à envoyer une rose blanche dans le coeur de Shun. La particularité de la rose blanche est qu'elle absorbe peu à peu tout le sang du corps et paralyse sa cible. Au moment ou Shun commencais à se vider de son sang, Ikki apparu et la lui retira. Il envoya alors Aphrodite en enfer une bonne fois pour toute mais Atlas apparu et le mis K.O....

Hyoga quant à lui arrive tout de suite devant le temple de Corona et se retrouve face à Abel et ses sbires. Abel lui demanda alors de faire un cercueil de glace pour Athéna mais Hyoga refusa et se retrouva confronter à Bérénice. Hyoga lui lanca sa Poussière de Diamants mais celle ci n'eu aucun effet sur son ennemi grace à son habit sacrée. Bérénice attaqua alors Hyoga et en tombant, le collier qu'il portait autour du cou vint devant lui et lui fit penser à sa mère. Hyoga se releva alors et réattaqua Bérénice et le vaincut. Malheuresement, le chevalier du Cygne avait utilisé toutes ses forces dans cette attaque et tomba.

Seiya, toujours à terre est rejoint par Saga, le chevalier des Gémeaux qui lui explique qu'il ne reussira jamais à sauver Athéna si il accepte que le sort de Saori en est jeté et que pendant ce temps, ces amis sont en train de se diriger vers le temple de Corona même si ils sont gravement bléssé. Seiya se relève et essaie de passer. Il frappe Saga mais il n'a plus assez de force. Saga lui explique qu'il ne peut se battre car il a renoncé à la victoire. Il lui explique que rien n'ai joué, qu'Athéna est encore en vie mais qu'il faut faire vite pour la sauver. Seiya réagit alors et concentre son énergie pour frapper Saga et le vaincre. Il comprend alors que Saga a fait ça pour le remettre sur la voie de la victoire. Ni lui, ni Shura et Camus n'ont trahi Athéna, ils se sont mis au service d'Abel pour mieux la protéger contrairement à Aphrodite et à Masque de Mort qui eux sont du coté du mal. Seiya se dirige vers le temple mais Jao intervient. Saga se relève et se sacrifie pour que Seiya continu sa route, les deux Chevaliers périssent ensemble.

Hyoga arrive en premier au temple et se retrouve face à Atlas mais celui ci le vainc très facilement. Shun et Ikki arrive mais le même sort leur arrive. C'est maintenant au tour de Shiryu de se faire battre. Mais toutes ces défaites ridicules sont du faites qu'ils sont beaucoup trop bléssés par les précédents combats. Seiya arrive à son tour et résiste du mieux qu'il peux mais finit par tomber. Seiya pense à ce que lui as dis Saga et dans un ultime effort, se relève et brule son cosmos jusqu'a son paroxysme ce qui a pour effet de faire apparaitre l'armure d'or du Sagittaire. Seiya l'endosse alors et c'est à ce moment que Shiryu et Hyoga se relève aussi pour a leur tour endosser l'armure de la Balance (pour Shiryu) et l'armure du Verseau (pour Hyoga).

Nos trois héros sont comme de nouveau en pleine forme et détruisent Atlas sans aucun problème et arrivent enfin devant Abel mais celui ci leur envoie une terrible boule d'énergi. Shiryu et Hyoga se la prenne de pleine face et Seiya reussi à l'esquiver. Il tente alors de détruire Abel mais tout ses coups se retourne contre lui car le cosmos d'Abel est d'une puissance phénoménale étendu que celui ci est un dieu. Seiya tente désespérément de le vaincre mais finit par tomber. Au moment ou Athéna tomba dans la fontaine jaune, le cosmos de Seiya arriva et la sauva de justesse ce qui la rammena à la vie.

Abel, exaspéré et fou de rage attaque alors Seiya mais Seiya sort alors l'arc du Sagittaire et point la flèche de la justice vers Abel. Abel lui dis alors que son cosmos est trop faible et que la flèche se retournera contre lui mais Seiya augmente alors sa cosmos à un niveau tel qu'il dépasse celui d'Abel. Il décocha alors flèche en plein coeur d'Abel et le vaincu.

Le temple s'éffondre alors mais nos héros reussirent à sortir à temps et grace à leur courage, à épargner la Terre d'un terrible désastre.

Les plaines de Sibérie, des hommes battent sans pitié ni retenue un soldat seul et sans défense. Au moment de lui porter le coup qui l’enverra vers d’autres cieux plus cléments, les brutes sont stoppées net par une attaque glaciale ; Hyoga, ne supportant pas cette injustice, s’interpose entre les hommes et le souffrant. Ces derniers se sentant forts se lancent à l’attaque du chevalier sur son territoire. Le chevalier du Cygne ne fait pas de manières et renvoie ses assaillants. Se sentant moins sur d’eux, les hommes fuient le terrain de bataille, laissant Hyoga seul avec le blessé. Le sauveur prend alors des nouvelles de la victime au sol et le questionne sur ce qui vient de se passer. Mais le mourant répond que le Royaume d’Asgard court un grand danger : la Guerre des Dieux est sur le point d’éclater et il demande à Hyoga de faire son possible pour empêcher cela, puis la mort le gagne et il rend l’âme…

Japon, à la Fondation, Seiya, Shun, Shiryu et Saori qui ont reçus une lettre du chevalier du Cygne se préparent à le rejoindre au plus vite. Mais Saori, qui est la réincarnation d’Athéna, a un mauvais pressentiment. En effet une légende raconte que le long hiver qui touche Asgard en ce moment même, n’est que le prologue à une grande guerre entre les Dieux. Au même instant, on voit Hyoga qui gît, sans connaissance près d’une rivière, au fond d’un ravin glacé…

Après un long voyage la troupe des chevaliers ainsi qu’Athéna arrivent à Asgard, et sont reçus par le grand prêtre d’Odin, Balder. Athéna demandant des nouvelles de Hyoga, qui aurait dû les précéder, se heurte à la passivité du grand prêtre qui renvoie la question à son chef de garde personnel, Loki, et des guerriers divins qui font mine de ne rien savoir à ce sujet. Athéna évoque alors le risque qu’est entrain de courir Asgard concernant la Guerre des Dieux qui se profile à l’horizon. Balder rétorque à Athéna en la questionnant sur le fait qu’un de ses chevaliers soit venu sur le territoire d’Asgard. Elle cite la rencontre fortuite qu’a faite le chevalier. Pendant cet entretien tendu, Seiya, Shun et Shiryu observent Loki et se rendent compte que ce dernier ne dit pas toute la vérité. Il les provoque alors en duel, mais Athéna, consciente du danger, coupe court au défi et refuse l’hospitalité de Balder et ainsi prend congé du grand prêtre. En sortant de la demeure du grand prêtre, Athéna se voit offrir le gîte par Freyr et sa sœur Freya. Athéna croit reconnaître en Freyr une personne et accepte l’invitation de celui-ci.

Sur la descente des marches du palais, Athéna, Seiya, Shiryu et Shun accompagnés par Freyr et sa sœur font la rencontre des guerriers divins, chevaliers les plus puissants d’Asgard. Une tension de défi s’élève alors entre les deux groupes mais les guerriers divins laissent finalement place à Athéna et ses chevaliers. En passant devant eux, Shiryu est arrêté par Midgard et sent que ce cosmos lui est familier. Le groupe se retire sous les regards lourds des guerriers divins.

Arrivé au manoir De Freyr, Freya explique à ses hôtes que son frère était parti à la recherche de Hyoga pour lui dire de quitter le royaume. C’est alors qu’on frappe à la demeure, un homme vient de ramener le casque du chevalier perdu en piteux état. Il explique ensuite qu’il a trouvé ce casque sur une scène de bataille. Seiya et Shiryu n’en pouvant plus d’attendre partent à la recherche de leur ami disparu, Shun restant pour s’occuper d’Athéna.

Pendant ce temps, Freyr est remonté au palais afin de s’entretenir avec Balder sur les intentions de Loki qui complote dans le but de déclencher une guerre contre le sanctuaire, ce qui compromettrait l’équilibre du monde. Balder se rapproche alors de Freyr pour le remercier de sa bienveillance. Mais au moment où Freyr prend congé de son supérieur, ce dernier lui assène un coup d’une puissance maléfique.

Après cela, des envoyés de Balder viennent prévenir Athéna que Hyoga a été retrouvé et qu’il est soigné au château. Elle est priée, ainsi que Shun, de s’y rendre le plus rapidement possible. Quant à Seiya et Shiryu, ils continuent les recherches et décident de se séparer pour explorer plus d’endroits. Mais pendant ce temps on voit Freyr, tout sanguinolent, qui se fait enfermer dans les profondeurs du château de Balder. Essayant en vain de briser ses menottes de pierre, il pousse un grand cri qui rempli le ciel d’une douleur sans nom.

Athéna arrive alors au château pour voir son chevalier. Elle est accueillie par un Balder hostile et qui démontre sa volonté de contrôler le monde. La déesse lui répond alors qu’il n’est pas digne de son titre et que son Dieu, Odin, préfère la paix à la guerre. Balder tente alors d’attenter à la vie d’Athéna, mais en vain, celle-ci est protégée par les Dieux. Il trouve alors le stratagème de l’enfermer dans « le bouclier d’Odin » et l’envoie dans un monde de souffrance et de silence sur la proue d’un navire. Seiya, Shiryu et Shun sont alors alertés par la disparition de la cosmo énergie de la déesse. Shun tente de la secourir grâce à sa chaîne nébulaire mais il est arrêté sur-le-champ par Uler, guerrier divin d’Asgard. Le combat s’engage alors entre les deux hommes ! Malheureusement la chaîne d’Andromède ne résiste pas longtemps face à l’épée ardente de son ennemi et Shun manque de tomber dans le ravin que cette lame à provoquée.

Au même moment, Shiryu fait la rencontre de Midgard dans la forêt. Il lui révèle alors son visage, jusque là masqué, et se trouve être le chevalier du Cygne : Hyoga… En signe de bonne amitié, les deux amis se serrent la main, mais Hyoga glace alors le bras droit du chevalier du Dragon et l’envoie dans les airs pour ensuite le rouer de coups. Shiryu, blessé mais pas vaincu, repart au combat pour connaître les raisons qui poussent Hyoga à agir de la sorte. Il apprend alors que le chevalier du Cygne a été séduit par la puissance du seigneur Odin par rapport à celle d’Athéna. Shiryu, conscient que son ami n’a pas la maîtrise totale de son esprit, tente de le raisonner mais en vain, Midgard ne porte nulle intention à ce que dit le chevalier du Dragon et continue son combat. Shiryu résiste tant bien que mal aux assauts de son « ennemi » sans avoir la volonté de le frapper, jusqu’au point où son armure se brise en miettes. Shiryu retente alors de raisonner Hyoga en le menaçant, mais rien n’y fait. Il comprend alors que son ami a du être hypnotisé par le grand prêtre d’Odin. Il essaye donc de rompre le charme en s’envoyant avec lui dans une rivière. Cependant, le chevalier réagit en congelant l’eau de la rivière, emprisonnant ainsi Shiryu. Ce dernier prend la décision inévitable d’attaquer, et lance sa destructrice fureur du Dragon, à laquelle Midgard oppose son tonnerre de l’aube. On voit alors que les deux combattants se sont neutralisés mutuellement, Shiryu tombant gelé et Hyoga terriblement étourdi. On voit alors le dragon dans le dos de Shiryu s’effacer de façon dangereuse…

Au palais, Shun est toujours aux prises avec Uler. Le guerrier divin est sur le point de tuer son opposant quand, tout à coup, il reçoit les Ailes du phénix de la part de Ikki, qui vient de sauver son frère de justesse et d’envoyer Uler ad patres. Mais les deux frères n’ont pas le temps de souffler qu’un autre chevalier divin fait son apparition, Rhung, armé de boomerangs surpuissants. Shun est projeté dans le vide mais parvient tout de même à se rattraper, avec l’aide sa chaîne, à un piton rocheux. Ikki reste alors seul face au colosse. Pour pouvoir porter le plus rapidement secours à son frère, le chevalier du Phénix assène à son adversaire l’illusion du phénix où Rhung croit blesser grièvement Ikki, alors qu’en réalité ce dernier a esquivé les deux boomerangs qui sont allés se planter directement dans la poitrine du guerrier divin. Le chevalier peut ainsi porter secours à son frère, toujours suspendu au rocher. Alors qu’il est entrain de le remonter, Rhung, se remettant de ses blessures prend par surprise le chevalier du Phénix et le suspend par les pieds. Mais, sous le poids des combattants le piton rocheux auquel Shun était attaché, cède emportant avec lui les trois chevaliers...

Pendant tous ces combats, Seiya continue toujours son ascension vers le palais d’Odin. Shiryu, toujours dans la rivière, gît entre la vie et la mort ; tandis que Hyoga, ayant repris ses esprits, marche-lui aussi vers la demeure du Grand prêtre. Shun ayant réussi à éviter la chute et à rattraper son frère étourdi par le choc est inconscient au bout de sa chaîne.
Seiya arrive enfin au palais, aux pieds de la statue d’Odin, où il est accueilli par Loki qui le frappe dans le dos avec ses griffes du loup. Le chevalier de Pégase riposte instantanément avec ses météores. Mais Loki reprend Seiya et l’envoie en l’air pour lui infliger la tempête d’Odin, attaque qui projette le chevalier Pégase à des dizaines de mètres. N’écoutant que son courage, Seiya repart à l’attaque mais se fait de nouveau prendre dans l’attaque de son ennemi. Mais le chevalier de Pégase n’a pas dit son dernier mot, il se relève de nouveau et attaque de plus belle le guerrier divin et cette fois-ci ce dernier est traversé de part en part et reçoit l’ultime tourbillon de pégase par Seiya, Loki est envoyé rejoindre les autres guerriers divins, au royaume des morts.

Balder, ayant assisté à la scène, se montre alors et décide de mener le combat lui-même. Commence alors le combat entre le chevalier Pégase et le représentant d’Odin. Seiya se rend vite compte de la force de son adversaire et ce dernier essaye de l’enfermer directement dans le bouclier d’Odin, où il avait envoyé Athéna auparavant. Cependant son attaque est avortée par l’apparition de Shun, qui sauve Seiya in extremis mais qui se retrouve vite en difficulté face à l’imposante puissance de Balder et se voit à son tour projeté contre un des murs du palais. Seiya reprend alors le flambeau du combat pour la justice, mais en vain, son adversaire continue de le rouer de coups. Balder s’apprête à porter le coup fatal à Seiya, mais c’est alors que le chevalier du Cygne, Hyoga, fait irruption dans le combat. Balder, croyant que le chevalier est toujours en son pouvoir lui ordonne de tuer son ami, pour le faire souffrir d’avantage ainsi qu’Athéna qui assiste à la scène, impuissante et prisonnière du bouclier d’Odin. Hyoga tourne alors son attaque contre son manipulateur et lui paralyse les jambes. S’apprêtant à lui envoyer un uppercut magistral, il est stoppé dans son élan par Balder qui l’attrape à la taille et le serre de toutes ses forces. Hyoga tombe à terre et se retrouve à moitié conscient entrain de subir les foudres de Balder. Sa plainte est tellement grande que Shiryu, ayant repris ses esprits et remontant vers le palais, l’entend. Hyoga se retrouve une nouvelle fois mis hors d’état de combattre. Balder veut alors en finir avec Seiya mais Ikki l’entend d’une autre oreille et s’interpose entre les deux combattants. Cependant, il reçoit l’attaque de Balder de plein fouet, ce qui le repousse. Le chevalier Pégase se retrouve alors pris par la tête par le grand prêtre qui nargue Athéna, impuissante face à ce spectacle odieux.

Mais soudain, apparaît dans le ciel l’armure d’or du Sagittaire, venu pour aider Seiya dans sa quête de justice. Le chevalier se sent alors rempli d’un courage surabondant. Seiya lance ses météores sur son ennemi, mais cette fois avec une telle puissance que Balder est terrassé. Il sort alors l’arc du Sagittaire pour achever le grand Prêtre mais celui-ci lui fait du chantage en lui annonçant qu’il est le seul à pouvoir sortir Athéna du bouclier d’Odin. Seiya baisse alors son arc et renonce à lui infliger le châtiment qu’il mérite.

Tout semble à nouveau sur le point de s’écrouler, mais c’était sans compter sur le retour de Freyr. Il escalade la statue du seigneur Odin en disant à Seiya qu’il connaît un moyen de sauver la déesse et lui ordonne du tuer Balder. Celui-ci comprend alors que ses jours sont comptés et essaye de mettre fin aux jours du dernier guerrier divin mais Freyr tient bon et continue d’escalader la statue tandis que Seiya, reprenant confiance en lui, bande son arc en direction de Balder. Freyr arrivant au sommet de la statue, est frappé par une attaque de Balder qui le fait tomber sur les piques de la couronne d’Odin mais il se relève encore et plante son épée dans le crâne de la statue du seigneur Odin. Pour empêcher cela, Balder tente une ultime attaque en direction du guerrier divin mais Seiya lui envoie la flèche du Sagittaire et pour se protéger le grand prêtre doit oublier son attaque et tenter de parer celle du chevalier Pégase avec sa misérable épée. La flèche transperce alors l’épée et son détenteur, éliminant ainsi l’homme qui voulu rompre l’équilibre du monde.

Au même moment, l’énergie que libère la statue d’Odin détruite, réduit en poussière le palais en emportant par la même occasion Freyr au paradis. Balder, qui se fait transpercer par la gigantesque épée d’Odin rejoint, quant à lui, l’enfer. Athéna est alors libérée de son sortilège mais tombe dans le ravin proche du palais. Seiya, portant toujours l’armure du Sagittaire, vole au secours de la déesse et la ramène sur la terre ferme.

Ainsi, grâce à l’énergie libérée par la destruction de la statue, Asgard sort de son hiver interminable et la nature reprend ses droits sur ce lieu. Et c’est à ‘ombre de l’arbre de la vie que se retrouve Athéna et ses chevaliers ainsi que Freya, scène finale symbolisant l’union entre les hommes et les dieux.